По окончании училища Кондратенко получил чин подпоручика и был назначен в 1-й Саперный батальон в Тифлис. В это время шла Русско-турецкая война 1877 – 1878 гг., но молодой офицер, несмотря на его горячее желание участвовать в ней, не получил на это разрешения. Свою энергию Кондратенко отдавал обучению подчиненных саперному делу. Стремление к новому в военно-инженерном искусстве, особенно в связи с событиями войны (долгая осада города-крепости Плевны, штурм укреплений Карса), побудило Кондратенко к поступлению в Инженерную академию. В 1879 г., блестяще сдав экзамены, он вернулся в стены бывшего Павловского дворца, где с новым рвением продолжил учебу.

Окончив академию по первому разряду, штабс-капитан Кондратенко был направлен на службу в Батум, в распоряжение начальника Чорохской военной дистанции. В 1885 г. талантливый молодой офицер поступил в Академию Генштаба. В 1886 – 1894 гг. он проходил службу в штабе Виленского военного округа на различных должностях, получил несколько наград, чины подполковника и полковника. В 1895 г. – был назначен на должность начальника штаба войск Уральского военного округа, но вследствие тяготения к строевой службе вскоре принял под свою команду один из стрелковых полков.

К 1901 г. Кондратенко дослужился до генерал-майора. Он был направлен на Дальний Восток и в 1903 г. назначен командиром 7-й Восточно-Сибирской стрелковой бригады, развёрнутой позже в дивизию и направленной в Порт-Артур. С началом Русско-японской войны Кондратенко являлся начальником обороны сухопутного фронта крепости. Разносторонние знания общевойскового командира и военного инженера позволили ему в короткий срок фактически заново создать систему обороны, успешно руководить отражением четырёх штурмов Порт-Артура японскими войсками. Под руководством Кондратенко были созданы и применены новые средства вооружения – ручные гранаты, миномёты, новые типы противопехотных мин, электризованные проволочные заграждения и др. Генерал пользовался исключительным авторитетом в войсках. В самые ответственные моменты появлялся он на наиболее опасных участках обороны. Погиб герой 2 декабря 1904 г. во время артиллерийского обстрела форта . А 20 декабря генерал Стессель и сменивший Кондратенко генерал Фок сдали город, хотя ресурсы обороны еще не были исчерпаны.

Тело генерал-лейтенанта Кондратенко было перевезено морским путем в Петербург и похоронено на кладбище Александро-Невской лавры. Позже место погребения увенчал величественный мраморный памятник. Обелиски в память Кондратенко были поставлены в Николаевском инженерном училище, в Сувалках (в 20-м полку) и в Полоцком кадетском корпусе. Летом с.г. в Полоцке состоялось торжественное открытие и освящение памятника герою обороны Порт-Артура .